[ Back to EurekAlert! ]

PUBLIC RELEASE DATE:
27-Mar-2012

[ | E-mail ] Share Share

Contact: Irene Perovsek
irene.perovsek@isb-sib.ch
41-788-761-129
Swiss Institute of Bioinformatics
@ISBSIB

Nouveau test génétique: Un traitement sur mesure pour des enfants souffrant du cancer

Ce communiqué est disponible en anglais et allemand.

Une étude menée par le Dr Janet Shipley de l'Institute of Cancer Research (ICR) de Londres en collaboration avec le Dr Mauro Delorenzi du SIB Institut Suisse de Bioinformatique à Lausanne a montré qu'un simple test génétique pouvait aider à prédire l'agressivité des tumeurs de rhabdomyosarcomes chez les enfants. L'introduction de ce test en clinique pourrait conduire à des changements de traitement chez de nombreux patients, évitant ainsi à certains d'entre eux des effets secondaires de longue durée, tout en offrant à d'autres l'opportunité de recevoir des traitements intensifs pour accroître leurs chances de survie. Les résultats de cette étude sont publiés aujourd'hui dans le Journal of Clinical Oncology, disponible en ligne.

À ce jour, le gène de fusion PAX3/FOXO1 n'a servi qu'en tant qu'agent de classification pour l'histologie d'une tumeur mais jamais en tant qu'indicateur de pronostic. L'équipe de recherche a trouvé que les enfants souffrant d'une tumeur, appelée rhabdomyosarcome, qui présente un défaut génétique particulier avaient un taux de survie nettement moins élevé que d'autres patients rhabdomyosarcomes. Un tel gène de fusion peut donc être très utile dans le pronostic de la survie d'un patient.

Mieux encore, ce gène peut fournir une meilleure information quant à l'agressivité de la tumeur et aider les médecins à trouver un traitement sur mesure pour chaque patient. Jusqu'à présent, des enfants diagnostiqués avec le rhabdomyosarcome étaient traités avec une combinaison de chimiothérapie et de chirurgie, et parfois même de radiothérapie. De tels traitements aident à améliorer le taux de survie mais peuvent aussi causer de sérieux effets secondaires sur le long terme, comme le développement d'un autre cancer. Toutefois, tous les patients n'ont pas besoin d'un tel traitement. « Nos études précédentes ont révélé des problèmes avec le système de prédiction des risques actuel basé sur l'apparence des tumeurs chez les patients. Notre étude montre qu'un simple test génétique devrait être intégré aux examens cliniques habituels afin d'améliorer significativement notre capacité à prédire l'agressivité des tumeurs. Le test basé sur ce gène de fusion pourrait être utilisé pour classifier les patients en quatre groupes de risques pour lesquels le traitement pourrait être mieux adapté. Ceci implique que des patients, précédemment classifiés comme à haut risque, pourraient éviter les effets secondaires associés au traitement intensif, alors que d'autres pourraient recevoir ce traitement intensif pour accroitre leurs chances de survie » explique le Dr Shipley.

Une expertise statistique de haut vol

En vue d'analyser les données de milliers de gènes provenant de 255 échantillons de rhabdomyosarcome, le Dr Shipley a fait appel à l'expertise du groupe Bioinformatics Core Facility (BCF) du SIB Institut Suisse de Bioinformatique dirigé par le Dr Mauro Delorenzi. Ce groupe fournit un soutien statistique et analytique pour la communauté scientifique - académique et privée - à l'échelle nationale et internationale. Le Dr Edoardo Missiaglia et le Dr Pratyaksha Wirapati ont analysé les données fournies dans le cadre de cette étude, construit et évalué des systèmes pour mesurer l'agressivité d'un cas individuel de rhabdomyosarcome. Leur travail a permis d'identifier un panel de 15 gènes dont le niveau d'activité altérée pouvait être employé pour prédire comment les patients allaient répondre à un traitement spécifique. Cependant, ils ont aussi trouvé que la plupart des changements dans les gènes sont liés à la présence du gène de fusion PAX3/FOXO1 : dont la détection est bien plus aisée et moins coûteuse que celle prédisant le niveau d'activité altérée de gènes. « Nous avons montré qu'une bonne utilisation de l'information relative à la présence et l'absence de la fusion des deux gènes PAX3 et FOXO1, ainsi que la prise en compte des mesures cliniques habituelles, permettent d'établir un système de mesure de risques très efficace et révélateur sur l'agressivité d'une tumeur. Les excellentes performances de ce système éviteraient ainsi l'usage d'informations complexes sur l'activité des gènes », poursuit le Dr Delorenzi.

En employant ce nouveau système dans le cadre de cette étude, 31% des patients qui auraient été précédemment classifiés parmi ceux à risque intermédiaire seraient assignés à un groupe à moindre risque. Alors que 29% des patients à risque intermédiaire seraient assignés à un groupe à risque plus élevé. En combinant le « fusion gene test » avec deux autres mesures courantes de risque de rhabdomyosarcomes - l'âge du patient lors du diagnostic et le stade de développement de la tumeur - le test s'est avéré simple, mais d'une très grande efficacité.

L'équipe de recherche entend valider ces résultats en employant un jeu de données indépendant à une échelle européenne. Si la méthode est confirmée, elle pourrait être utilisée dans de futurs essais cliniques pour assister les cliniciens dans leur décision thérapeutique. « Dans la même étude, nous montrons également que l'information sur l'activité de cinq autres gènes pourrait fournir d'autres informations sur un autre sousgroupe de patients. La rareté des cas ne permet cependant pas à l'heure actuelle de valider nos résultats. Ceci devra faire l'objet d'une étude plus spécifique sur des nouveaux jeux de données», rajoute Dr Missiaglia.

###

A propos de l'étude

Cette étude est une collaboration entre l'Institute of Cancer Research (ICR), le SIB Institut Suisse de Bioinformatique, The Royal Marsden NHS Foundation Trust, The Northern Institute for Cancer Research, University College London Institute of Child Health (Royaume-Uni), le Centre Hospitalier Universitaire Vaudois (CHUV), l'Institut Curie, Ligue Nationale Contre le Cancer et l'Institut Gustave Roussy (France).

A propos du SIB

Le SIB Institut Suisse de Bioinformatique est une fondation académique sans but lucratif et d'utilité publique fédérant les activités dans le domaine de la bioinformatique en Suisse. Sa mission est de fournir les services informatiques essentiels pour la communauté des sciences du vivant, notamment en termes de bases de données, de logiciels, de serveurs internet et de calcul, ainsi que de support à l'analyse de données, tant au niveau national qu'international. Le SIB assure également un enseignement et une recherche bioinformatique de premier plan. Il a une longue tradition dans le développement de logiciels de pointe pour la recherche en sciences du vivant, ainsi que dans le support de bases de données à haut contenu informatif, telles que UniProtKB/Swiss-Prot, la référence mondiale en termes de connaissances sur les protéines. Le SIB fédère 31 groupes de recherche et de service, qui réunissent plus de 480 scientifiques reconnus internationalement dans les domaines de la protéomique, la transcriptomique, la génomique, la biologie des systèmes, la bioinformatique structurale, la bioinformatique évolutionnaire, la biophysique et la génétique des populations, à Bâle, Berne, Fribourg, Genève, Lausanne, et Zurich. Le SIB est un partenaire reconnu internationalement et ses services sont utilisés par les chercheurs du vivant au niveau mondial. http://www.isb-sib.ch



[ Back to EurekAlert! ] [ | E-mail Share Share ]

 


AAAS and EurekAlert! are not responsible for the accuracy of news releases posted to EurekAlert! by contributing institutions or for the use of any information through the EurekAlert! system.