Public Release:  Une technique ultra moderne pour surveiller les épidémies en soins intensifs

American Association for the Advancement of Science

Le séquençage du génome entier de bactéries résistantes aux antibiotiques lors d'une épidémie à l'hôpital peut aider les tentatives de la maîtriser selon une nouvelle étude d'une épidémie à Klebsiella pneumoniae qui a eu lieu en 2011 dans les National Institutes of Health.

Sur 18 patients infectés, six décédèrent. Comme une soigneuse étude de la localisation des lits n'avait donné aucun indice sur la manière dont la bactérie s'était propagée d'un patient à l'autre, Evan Snitkin et ses collègues se sont tournés vers le séquençage de génome entier pour élucider ce qui s'était passé. Alors que seuls quelques-uns des 6 millions de nucléotides, les briques de l'ADN, du génome de K. pneumoniae changent lorsque la bactérie se multiplie, cette différence a suffi à l'équipe pour retracer sa propagation.

Les chercheurs ont séquencé le génome de bactéries prélevées sur chaque patient et trouvé que l'épidémie était partie d'un patient qui avait quitté l'hôpital trois semaines plus tôt avant qu'un autre patient infecté ne soit découvert. Les changements d'ADN dans la bactérie ont fourni aux chercheurs une sorte de marquage génétique dans le temps, révélant que K. pneumoniae était passée à l'origine du patient 1 au patient 3. Ce dernier a ensuite exposé la bactérie au patient 2 avec un système immunitaire affaibli qui est devenu plus rapidement malade que le patient 3. De plus ces données ont confirmé que le patient 4 n'a pas été infecté par les patients 2 ou 3 mais plus directement par le patient 1.

L'équipe de chercheurs a remonté l'une de ces infections à la contamination d'un ventilateur qui avait été nettoyé. Ces résultats suggèrent que le séquençage de génome entier en temps réel de bactéries qui infectent couramment des patients en unités de soins intensifs peut fortement contribuer à détecter le potentiel microbien et pourrait améliorer le contrôle des épidémies à l'hôpital.

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Article : « Tracking a Hospital Outbreak of Carbapenem-Resistant Klebsiella pneumoniae with Whole-Genome Sequencing » par E.S. Snitkin, P.J. Thomas et J.A. Segre du National Human Genome Research Institute à Bethesda, MD ; A.M. Zelazny, F. Stock, D.K. Henderson et T.N. Palmore du National Institutes of Health Clinical Center à Bethesda, MD ; NIH Intramural Sequencing Center Comparative Sequencing Program du National Institutes of Health Intramural Sequencing Center à Bethesda, MD.

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