新たな研究から、現生人類と類人猿の腸内細菌は単に環境から獲得されたわけではなく、ヒト科生物と共に何百万年にもわたって進化し続け、人類の免疫系の形成を助けてきたことが示唆されている。この知見は、人類と微生物との独自の共生関係の基礎にある進化のプロセスについて情報をもたらす研究への道を拓くものである。人類の腸内に住み着いている細菌が、どのようにして腸内に留まるようになったのかは、依然として明らかでない、特に科学者にとって、腸内細菌叢の構成が形成される上で共生関係が果たした役割が不明確であった。今回、この問題にさらなる大きな洞察を提供するため、Andrew Moellerらは急速に進化する細菌の遺伝子配列を便検体において比較する方法を開発し、これをタンザニアのチンパンジー、コンゴ人民共和国のボノボ、カメルーンのゴリラ、そして米国のヒトの間の比較に用いた。これにより、いくつかの細菌系統の系統樹が明らかになり、その結果、それらが宿主の進化パターンと密接に対応していることが分かった。さらに、ある宿主に特有の細菌種が他の種に移行することはまれであることが明らかになった。このことから、細菌は宿主の進化と共に特有の進化を遂げたこと、また現在の人類の腸内に生息する細菌は、人類の祖先の共生細菌の子孫であることが示唆される。
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