Des métadonnées pour assurer une recherche de qualité et le bien-être animal

Une étude d’une équipe de recherche public-privé incluant l’Université de Lausanne (UNIL) établit le premier ensemble minimal de métadonnées pour l’expérimentation animale, une avancée cruciale pour maximiser le partage et la reproductibilité des données de recherche et limiter l’utilisation d’animaux. L’étude, à consulter dans l’influente revue LabAnimal, constitue un véritable appel à l’action lancé aux principales parties prenantes de la recherche biomédicale.

La recherche biomédicale est entrée dans une nouvelle ère et connaît une explosion des données grâce aux avancées technologiques, notamment numériques. Néanmoins, quantité ne rime pas nécessairement avec progrès scientifique. Afin d’augmenter les connaissances, le partage des données doit impérativement être assuré afin que ces dernières puissent être réinterrogées dans d’autres contextes ou reproduites par autrui. La réutilisation et la reproductivité des données sont particulièrement pertinentes pour la recherche impliquant des animaux afin d’en limiter l’utilisation au strict minimum et uniquement lorsqu’ils permettent de répondre à de nouvelles questions. Les métadonnées sont l’élément essentiel de ce processus. Elles contiennent des informations descriptives, administratives, mais aussi sur la manière dont les données originelles ont été collectées.

Toutefois, les métadonnées existantes pour la recherche biomédicale sur l’animal vivant manquent actuellement d’une norme qui pourrait garantir l'interopérabilité des données brutes associées. Définir l’ensemble des métadonnées minimales (minimal metadata set, MNMS) nécessaires à la description des données générées par une expérience, permettrait d’élargir leur impact à de multiples disciplines de recherche et ainsi limiter l’utilisation d’animaux. « Nous nous sommes lancés dans cette étude suite à des rencontres et des discussions qui ont émergé dans le cadre de l’European Cooperation in Science & Technology (COST TEATIME action), car il devenait urgent d’agir », indique Leonardo Restivo, responsable de la plateforme Neuro-Behavioral Analysis Unit du Département des neurosciences fondamentales à la Faculté de biologie et de médecine de l’Université de Lausanne (UNIL) et co-auteur de l’étude.

Données équitables et éthiques

L’équipe auteure de l’étude propose un ensemble minimal de métadonnées (MNMS) conçu pour permettre la réutilisation des données in vivo. « Nous ne sommes pas partis de rien. Nous nous sommes alignés sur une ligne directrice existante depuis 2010 pour améliorer les rapports sur la recherche animale nommée ARRIVE 2.0. De plus, nous voulions que ces métadonnées contribuent à rendre les données issues des animaux vivant conformes à la notion de données FAIR », précise Leonardo Restivo. FAIR est une approche née de l’accessibilité d’internet et du big data pour rendre les données Faciles à trouver, Accessibles, Interopérables et Réutilisables (FAIR).

Le résultat est un tableau, une sorte de checklist, présentant les aspects cruciaux de l’expérimentation animale, tels que les conditions de logement, l’imagerie, les interventions chirurgicales, les méthodes d’administration de composés, et les protocoles standardisés, mais aussi l’âge ou le statut génétique des animaux, devant nécessairement figurer dans les métadonnées lors de la récolte de données expérimentales. L’étude va plus loin en démontrant avec un cas expérimental concret, réalisé dans une entreprise biopharmaceutique, que le MNMS est applicable à la recherche biomédicale.

Au-delà des données de données

Les auteur·e·s proposent également des scénarios dans lesquels le MNMS devrait être mis en œuvre. Divers environnements de recherche et divers scénarios, comme la problématique de la confidentialité des données, pour lesquels des possibilités concrètes et des leviers sont proposés pour répondre aux défis de la réaffectation des données à différentes échelles.

« Pour le moment, c’est une base solide proposée par notre équipe composée d’une dizaine de personnes. L’idée est que les scientifiques, les parties prenantes, les décideurs s’en saisissent et la fassent évoluer », complète Leonardo Restivo. La suite vertueuse est donc un appel à l’action aux principales parties prenantes pour qu’elles accélèrent l’avancée des connaissances issues de l’animal vivant et améliorent son bien-être.