Le séquençage génomique, un outil de santé publique
Le séquençage génomique constitue aujourd’hui un outil de santé publique essentiel pour détecter et suivre les agents pathogènes infectieux à potentiel épidémique. Une meilleure compréhension du génome des pathogènes et de leur évolution génétique permet d’aiguiller la production de tests diagnostiques, de médicaments et de vaccins conduisant à un meilleur contrôle des épidémies à l’échelle locale comme au niveau international.
La pandémie de Covid-19 a mis en exergue les disparités entre les continents en termes de dispositifs de surveillance et de séquençage. Fin octobre 2021, sur les 4,6 millions de séquences partagées sur l’outil public et gratuit GISAID au niveau mondial, seules 49 000 provenaient du continent africain, représentant moins de 1 % des cas de Covid-19 diagnostiqués sur ce continent.
Fort de ce constat, AFROSCREEN a été conçu pour améliorer les activités de préparation et de réponse au niveau régional, accompagner les décideurs dans la définition des priorités de santé publique de chacun des pays partenaires et produire des données pour alimenter l’effort international en santé publique.
Colloque régional AFROSCREEN: bilan et perspectives du réseau de surveillance génomique en Afrique
Les 29 et 30 mai 2024 a lieu à Dakar au Sénégal le « Colloque régional AFROSCREEN : un réseau de surveillance génomique des pathogènes émergents ». À cette occasion se réunissent partenaires, représentants du CDC Afrique et de l’OMS, autorités sanitaires des pays concernés et bailleurs de fonds internationaux. L’objectif de ce colloque est de faire le bilan des acquis scientifiques et techniques du projet et de discuter des perspectives futures permettant de capitaliser sur ce réseau.
Trois ans après son lancement, le projet AFROSCREEN a permis de :
- améliorer les capacités de détection et de séquençage du SARS-CoV-2 des 21 laboratoires du réseau en fournissant des équipements (séquenceurs, réactifs, matériel de laboratoire). Le renforcement des capacités des laboratoires a ainsi contribué à l'augmentation du nombre de séquences déposées sur GISAID par les pays (environ 10 000 séquences déposées) ;
- former plus de 150 personnes en charge du séquençage, de l’analyse et du partage des données, parmi lesquelles des biologistes, techniciens, data managers, bio-informaticiens et personnels en charge de la surveillance et des investigations épidémiologiques ;
- créer et animer le réseau des laboratoires partenaires d’AFROSCREEN composé de 25 partenaires répartis dans 13 pays d’Afrique ;
- mettre en place, réactiver ou soutenir 77 sites sentinelles dans 11 pays pour la réalisation d’enquêtes épidémiologiques et de collectes d’échantillons ainsi que pour la surveillance du SARS-CoV-2 et de ses variants.
Ce réseau est désormais mobilisable rapidement en cas d’émergence ou de réémergence de pathogènes à fort potentiel épidémique au-delà du SARS-CoV-2 : grippe, Mpox, dengue, Lassa, chikungunya, Marburg, etc.
Pour en savoir plus et découvrir pays par pays les initiatives mises en place, vous pouvez consulter le site internet du projet AFROSCREEN : AFROSCREEN : Renforcement des capacités de séquençage en Afrique
La plateforme en libre accès GISAID permet le partage rapide de données (séquences génétiques et données cliniques et épidémiologiques associées aux virus) des virus de la grippe et du SARS-CoV-2.
Le programme du colloque régional est accessible ici.
À propos de l’ANRS MIE : L’ANRS Maladies infectieuses émergentes est une agence autonome de l’Inserm (Institut national de la santé et de la recherche médicale) dirigée par le Pr Yazdan Yazdanpanah. Elle a pour missions l’animation, l’évaluation, la coordination et le financement de la recherche sur le VIH/sida, les hépatites virales, les infections sexuellement transmissibles, la tuberculose et les maladies infectieuses émergentes. L’agence développe une approche de santé mondiale selon la démarche One Health, qui s’intéresse aux liens entre la santé humaine, la santé animale et l’environnement. Elle renforce ainsi la réponse de la France en cas de crise. L’agence s’inscrit dans un effort international de lutte contre les épidémies, notamment en articulation étroite avec l’Europe et avec un réseau de partenaires au sein des pays à revenu faible et intermédiaire.
Pour plus d’informations : anrs.fr
À propos de l’Institut Pasteur : Fondation reconnue d’utilité publique, créée par décret en 1887 à l’initiative de Louis Pasteur, l’Institut Pasteur est aujourd’hui un centre de recherche biomédicale de renommée internationale. Pour mener sa mission dédiée à la lutte contre les maladies, en France et dans le monde, l’Institut Pasteur développe ses activités dans quatre domaines : recherche, santé publique, formation et développement des applications de la recherche. Leader mondial reconnu dans le domaine des maladies infectieuses, de la microbiologie et de l’immunologie, l’Institut Pasteur se consacre à l’étude de la biologie du vivant. Ses travaux portent ainsi sur les maladies infectieuses émergentes, la résistance aux antimicrobiens, certains cancers, les maladies neurodégénératives et les pathologies de la connectivité cérébrale.
L’Institut Pasteur est un des membres du Pasteur Network, un réseau mondial de plus de 30 membres sur les cinq continents, unis par des valeurs pasteuriennes communes, qui contribuent à l’amélioration de la santé humaine. Depuis le 1er juillet 2021, l’Institut Pasteur est un organisme de recherche partenaire d’Université Paris Cité.
Pour plus d’informations : www.pasteur.fr
À propos de l’Institut de recherche pour le développement (IRD) : Institut international de recherche, l’IRD contribue à renforcer la résilience des sociétés face aux bouleversements globaux. Il est présent dans plus de 50 pays d’Afrique, d’Amérique latine, d’Asie et du Pacifique, ainsi que dans les Outre-mer.
Ses activités de recherche répondent de manière concrète à des besoins prioritaires : atténuation et adaptation aux changements climatiques, lutte contre la pauvreté et les inégalités, préservation de la biodiversité, accès aux soins, prise en compte des dynamiques sociales. Les questions de recherche sont élaborées avec les acteurs de terrain et les populations locales. Les équipes croisent les regards, les disciplines et les connaissances à travers des partenariats de long terme pour construire des solutions robustes et à fort impact. L’IRD défend une recherche qui bénéficie au plus grand nombre. Il partage les résultats de ses projets et met la science au service de l’action. Il accompagne ainsi la transformation des sociétés vers des modèles sociaux, économiques et écologiques plus justes et durables.
Pour plus d’informations : ird.fr