青藏高原哺乳动物肠道微生物组与抗生素抗性基因谱系的全景调查

该研究由来自云南大学的张志刚研究员、于黎研究员及其团队牵头，系统构建了青藏高原哺乳动物肠道微生物组的基因组目录。研究团队在2016–2022年间采集了2,561份来自14种哺乳动物（涵盖人类、家畜和野生动物）的肠道宏基因组样本。

通过宏基因组组装、严格的分箱与质量控制，研究者共重建112,313个宏基因组组装的基因组（MAG），并聚类为21,902个物种水平基因组单元（SGB）；其中86%的SGB在现有数据库中未被注释，表明青藏高原哺乳动物肠道微生物包含大量未被识别的物种资源。

通过对高质量测序片段进行抗生素抗性基因（ARG）注释，研究人员共识别8,598个非冗余ARG，涵盖28类耐药类型。研究人员进一步采用ARG风险分类方法鉴定了334个高风险ARG，并在536个携带高风险ARG的微生物基因组中预测到2,843次水平基因转移事件，其中7次涉及高风险ARG跨物种水平转移，且3次发生在人与非人类哺乳动物之间。此外，大肠杆菌被鉴定为主要的ARG宿主之一，其基因组通常携带多种耐药基因。研究还发现，青藏高原人群的肠道ARG的丰度和高风险ARG的丰富度普遍高于来自低海拔地区的人群，而青藏高原家畜的ARG丰度则低于其他地区的家畜，提示抗性基因分布受多种区域性驱动因子影响。

研究指出，尽管青藏高原哺乳动物肠道菌群中大多数核心ARG被归类为低风险，但人类与家畜之间共享的若干高风险核心ARG仍提示存在潜在传播路径。作者建议在One Health框架下开展长期、多部门联动的环境—动物—人群监测，并开展功能验证与机制研究以评估实际传播风险。

http:// doi/10.1007/s11427-025-3047-5

---

---