En uno de los primeros estudios para analizar exhaustivamente los cromosomas Y de los dos parientes más cercanos de los humanos modernos, denisovanos y neandertales, los investigadores informan sobre la sugerencia de estudios anteriores de que los primeros eventos de flujo de genes entre humanos arcaicos y modernos condujeron a la sustitución final de los cromosomas Y arcaicos del neandertal por cromosomas Y introgresados de H. sapiens. No se produjo sustitución de cromosomas Y de denisovanos por cromosomas Y de H. sapiens . "Hasta [este] nuevo estudio... los arqueólogos solo disponían de datos limitados del cromosoma Y de dos neandertales y ninguna información sobre los intercambios de cromosomas Y durante el encuentro inicial", escribe Mikkel Heide Schierup en un artículo de Perspective relacionado. Un número creciente de estudios de ADN antiguo en neandertales, denisovanos y Homo sapiens sugieren historias evolutivas y poblacionales entrelazadas, incluyendo varios eventos de mezcla entre los primeros humanos modernos y humanos arcaicos. Sin embargo, antiguas secuencias de ADN nuclear y mitocondrial (ADNmt) han revelado discrepancias filogenéticas entre los tres grupos que resultan difíciles de explicar. Por ejemplo, los genomas autosómicos muestran que neandertales y denisovanos constituyen grupos hermanos que se separaron de los humanos modernos hace más de 550 000 años. No obstante, todas las muestras de ADNmt de neandertal, excepto las primeras, son mucho más similares a las de los humanos modernos que a las de los denisovanos. Estos estudios sugieren que los neandertales originalmente portaban un ADNmt similar al de los denisovanos, que posteriormente fue reemplazado por completo mediante una mezcla temprana con los primeros humanos modernos, probablemente hace entre 350 000 y 150 000 años. Si bien los datos genómicos del cromosoma Y, heredado por vía paterna, ayudarían a resolver estos desconcertantes flujos de genes, prácticamente ninguno de los neandertales y denisovanos masculinos que se han estudiado hasta la fecha contienen ADN del cromosoma Y bien conservado. A fin de abordar esta laguna en los datos, Martin Petr y sus colegas utilizaron un enfoque de secuenciación de ADN basado en captura dirigida para enriquecer y extraer secuencias del cromosoma Y de los restos no muy bien conservados de tres neandertales masculinos y dos denisovanos masculinos. Petr et al. descubrieron que, al igual que el ADNmt heredado por vía materna, los cromosomas Y humanos y neandertales se relacionaban más entre sí que con el cromosoma Y denisovano, respaldando la sugerencia de que el mestizaje entre los primeros humanos y los neandertales y la selección posterior condujeron al reemplazo total de material genético más antiguo similar al de denisovanos en los neandertales tardíos.
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