通过数百万次的亲和力测量，研究人员研制了一种生化模型，它揭示了对微RNA（miRNA）的新颖了解：miRNA的部分作用是令基因表达沉默，但miRNA的其它生物学功能尚不清楚。这一新的模型还可更准确地预测特定miRNA序列对基因表达的作用。小型、非编码miRNA可调控人类大多数的mRNA，它们已被证明在若干发育和生理过程中以及在疾病中扮演着关键角色。miRNA会将互补mRNAs设靶并与之结合，并能通过将序列特异性基因表达沉默而发挥功能。尽管大多数基因都包含至少一种miRNA的靶标，但miRNA所具有的多种生物学功能仍然基本未知。预测这些功能需要更好地了解miRNA的设靶功效以及miRNA复合物与其靶位点间的亲和力。由于缺乏对亲和力的测量，设靶功效的预测模型（如广泛使用的TargetScan7）通常依赖于关联方法且只能解释一小部分mRNA中的miRNA特异性的变化。为解决这一问题，Sean McGeary和同事用RNA Bind-N-Seek（这是一种高通量测定方法，它能表征RNA结合蛋白的序列和结构）评估了6个miRNA与其人工标靶间的结合亲和力。应用数百万计的这些亲和力测量，McGeary等人研制了一个miRNA介导性沉默的生化模型，并用卷积神经网络（CNN）将其扩展以包含所有的miRNA序列。据作者披露，该生化模型可解释和预测将近一半的可归因于miRNA对其特定标靶直接作用的变异性，它大大优于目前使用的最强的关联模型。
###
Journal
Science