分析蛋白相互作用网络可揭示先前未知的癌症驱动因子

在3项癌细胞图倡议（Cancer Cell Map Initiative）的研究中，研究人员发现了先前未知的驱动癌症的蛋白间相互作用，他们结合这些新数据绘制了一幅能预告癌症结局的蛋白通路图。他们的方法或可为改善科学家对癌症进展的了解提供框架，并能帮助发现治疗目标。对许多属于遗传性疾病的癌症而言，它们都有一个内容广泛的突变基因编目。但一幅能将这些突变整理成驱动肿瘤生长途径的图却没有。Ran Cheng和Peter K.Jackson在相关的《视角》中写道：“如果肿瘤生长的关键机制能被更好地整合到特定的通路之中就能呈现更清晰的画面。发现和整合这些通路及确定这些通路的组合会如何驱动癌变将能简化我们对有效癌症治疗的探寻过程。”蛋白-蛋白间的相互作用（PPI）网络是这项研究所用的重要工具，因为它们能超越基因列表来定义肿瘤通路和用药靶点的蛋白生化。Danielle Swaney等人对头颈部鳞状细胞中的蛋白-蛋白相互作用数据进行了研究。据他们报告，与非癌细胞系相比以及相互之间进行对比，这些癌细胞系显示了数百种不同的相互作用。Swaney和同事报告说，与在肿瘤中通常发生突变的PI3K通路的相互作用可预测药物反应。Minkyu Kim等人专注于乳腺癌研究，他们发现了两种与肿瘤抑制基因BRCA1相关的蛋白以及两种调节PIK3CA的蛋白。通过将Swaney等人和Kim等人的PPI新数据与现有的公共数据相结合，Fan Zheng等人绘制了一幅蛋白通路图，他们用此图揭示了以前难以检测到的可能在肿瘤转移中重要的突变。这些研究为帮助解释癌症基因组数据提供了资源。