动物界180多种动物粪便中的基因信息揭示了它们的微生物多样性，并确认了近1000种以前未知的微生物品种。作者说，由此产生的数据集可以使人们一窥具有多种适应性变化和特征的动物肠道菌群所扮演的功能角色，这是一个基本未被利用的资源，该资源可能会带来生物功能、治疗方法和生物技术应用方面的新发现。与人类相比，野生动物的微生物群实际上仍属未知。然而，动物会表现出广泛的适应性变化和行为，后者的作用可能与其微生物组有关，例如其进食受病原体感染或有毒食物的能力，或对特定疾病具有免疫力。绘制野生动物（它们是动物和人类的天然病原体库）的微生物区系图还可为病原体在人群中的传播时间和途径提供宝贵的见解，并给保护策略（尤其是那些与将圈养动物重新放归野外有关的策略）提供信息。利用分散在四大洲的几个研究团队，Doron Levin 等人用全程组装宏基因组方法对动物的新鲜粪便样本进行了分析；这些粪便采自不同的动物分类群，其中包括鱼类、鸟类和哺乳类，它们具有形形色色的栖息环境、行为与特征。他们接着构建了一个包含来自1209种细菌的5000多个基因组的带功能注释的数据库，其中有75％以前未被描述过。作者用新的数据库发现了动物的微生物组成和功能性基因含量与它们的分类、饮食、活动、社会结构和寿命间的若干关联。例如，Levin等人在秃鹰微生物区系中发现了几种蛋白酶（有些是新型的蛋白酶）；这些酶能使秃鹰分解有害的细菌毒素；这些毒素可能在其进食的腐肉中激增。作者写道：“动物微生物群是生物功能的丰富来源已变得越来越明显，它们可能会对生物技术产生影响。”
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