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在人类微生物组中发现类似药物的小分子

Peer-Reviewed Publication

American Association for the Advancement of Science (AAAS)

由于一种新的生物信息学方法,曾经藏在人类微生物组中的基因簇现在更容易被发现,该基因簇产物类似于临床上使用的药物。被称为MetaBGC,它或能用于对人类微生物组样本中的蛋白产物具有抗微生物性质特征的基因进行“生物勘探”。尽管人类微生物组已与数种疾病关联,但支配其对疾病影响的机制和分子仍基本未被探索。研究显示,微生物组可产生一系列小分子产物,但发现和表征这些产物的系统方法仍然缺乏。Yuki Sugimoto和同事在此开发了一种被称作MetaBGC的计算算法,旨在识别直接在人类微生物组衍生的测序数据中编码的生物活性小分子。他们通过对人类微生物组样本运行MetaBGC来测试MetaBGC,他们要寻找一类从未在人类微生物组中报道过的小分子——一种TII-PKS生物合成基因簇(BCG)。研究人员在3个身体部位(口、肠和皮肤)发现了几种新的TII-PKS BGCs,表明这类分子确实是在人类衍生的宏基因组中编码的,尽管它们尚未在从人类微生物组的常见分离株中报道过。据作者报告,他们发现的几种新的TII-PKS BGC对附近的微生物具有抗菌活性。用他们的方法所做的进一步研究均显示了功效,所涉及的人体微生物组样本来自美国、丹麦、西班牙、斐济和中国的受试者。该方法提供了一个可泛化使用的平台。

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