image: "The response from the research community is already impressive, but we want to gain more visibility and attract new contributors," underlines Dr Marek Ostaszewski, member of the Bioinformatics Core and one of the coordinators of the disease map. view more
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Dans un article scientifique publié cette semaine dans Nature Scientific Data, les chercheurs présentent leur projet et appellent la communauté scientifique mondiale à y contribuer.
Grâce à plus de dix ans dexpérience en matière de développement de « disease maps » et à une longue habitude du travail au sein de larges consortia internationaux, les chercheurs du LCSB ont pu réagir rapidement face à la pandémie. Ils ont mis ce projet sur pied en quelques semaines et 162 chercheurs issus de 25 pays participent maintenant à cette collaboration. Grâce à une organisation rigoureuse et efficace, ils extraient et rassemblent les données issues de la littérature scientifique existante et des publications récentes sur le virus dont le nombre est en plein essor, construisant ainsi une cartographie fiable des connaissances actuelles.
Cette plateforme va fournir une représentation graphique et interactive de lensemble des mécanismes impliqués dans la maladie, ainsi que les ressources informatiques nécessaires pour lanalyses de données et la modélisation de la maladie. « Cet outil permettra aux experts de différents domaines, comme par exemple des cliniciens, des virologues et des immunologistes, de collaborer avec les analystes et les spécialistes en biologie computationnelle. Cest essentiel pour pouvoir formuler des modèles précis de la maladie et pour interpréter correctement les données, » explique le professeur Reinhard Schneider, responsable du Bioinformatics Core au LCSB.
La façon dont cette cartographie des connaissances sur le virus est en train dêtre construite est unique. Du fait de lurgence liée à la pandémie en cours, les chercheurs doivent utiliser une approche décentralisée reposant sur de multiples outils et de multiples groupes. En effet, seule une collaboration entre de nombreuses institutions de recherche et la combinaison de plusieurs expertises permet de sattaquer à ce défi assez rapidement.
« La réactivité de la communauté scientifique est déjà remarquable, mais nous voulons gagner en visibilité et inciter de nouveaux participants à rejoindre léquipe, » souligne Dr Marek Ostaszewski, membre du Bioinformatics Core et lun des coordinateurs du projet. « Nous invitons les spécialistes de la curation de données intéressés à venir nous aider à construire ce catalogue. » Les chercheurs sont également à la recherche de médecins, de cliniciens et dexperts de différents domaines. Leurs apports seront essentiels pour faire une analyse critique de la « disease map », de son contenu et de son étendue, et pour en améliorer la qualité et la pertinence.
Une telle collaboration entre chercheurs cliniciens, biologistes, curateurs, bioinformaticiens et analystes permet de construire une ressource fiable et utile pour tous les projets de recherche étudiant les mécanismes de COVID-19. La somme des connaissances rassemblées va améliorer notre compréhension de facteurs de risque pour lhôte (genre, âge et autres caractéristiques), de la progression de la maladie, des mécanismes de défense et des réponses aux traitements. Cette plateforme va également faciliter la mise au point de stratégies de diagnostic et de traitement efficaces. « Ce projet ouvre la voie vers le développement communautaire et sur le long terme de modèles de bonne qualité et de larges banques de savoir. Ces outils seront utiles à la fois pour lépidémie en cours et pour les prochaines, » conclut Prof. Schneider.
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